Die Katholische Gemeinde von Iraklion hat eine lange Tradition. Es ist nicht genau bekannt wann das erste Gotteshaus erbaut worden ist.

Im Jahre 1888 wurde der Bau eines Gotteshauses zu ehren des Heiligen Johannes des Täufers dokumentiert. Dieses wurde im Jahre 1961 abgerissen, bedingt durch die Schäden des Erdbebens von 1959.

Der damalige Gemeindepfarrer Pater Georgios Roussos hat die heutige Kirche, die sich in der Patros Antoniou Straße 2 befindet, zwischen 1961 und 1962 erbaut.

In Iraklion existiert auch die Kapelle des Heiligen Kreuzes, im alten Katohlischen Friedhof, die 1893 datiert wird. Die Kapelle ist über die Ikarou Straße zu ereichen.

In der Kapelle werden am 14. September zur Kreuzerhöhung und an 2. November zum Fest der Allerseelen, Heilige Messen gefeiert. Jeden Karfreitag findet der Kreuzweg dort statt.