Η Καθολική Ενορία Ηρακλείου Κρήτης ιδρύθηκε από αμνημόνευτα χρόνια. Δεν γνωρίζουμε πότε οικοδομήθηκε ο πρώτος ναός.

Το 1888 οικοδομήθηκε ο ναός αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον Βαπτιστή, ο οποίος κατεδαφίστηκε το 1961 λόγω των σοβαρών ζημιών που υπέστη με τους σεισμούς του 1959.

Ο τότε εφημέριος, π. Γεώργιος Ρούσσος, τον κατεδάφισε και το 1961-1962 οικοδόμησε τον σημερινό ναό. Βρίσκεται στην οδό Πατρός Αντωνίου 2 στο Ηράκλειο Κρήτης.

Από το 1980 μέχρι το 2008 στην Ενορία Ηρακλείου εφημέριος ήταν ο π. Πέτρος Ρούσσος, ο οποίος έχει κάνει την γενική ανακαίνηση του μοναστηρίου των Πατέρων Καπουκίνων.

Στο Ηράκλειο υπάρχει επίσης το Παρεκκλήσι του Τίμιου Σταυρού στο παλιό καθολικό Κοιμητήριο, που βρίσκεται στην πάροδο της οδού Εφέσου, είσοδος και από τη λεωφόρο Ικάρου, και χρονολογείται από το 1893.

Σε αυτό το παρεκκλήσι η Θεία Λειτουργία τελείται στις 14 Σεπτεμβρίου, που είναι η εορτή της Υψώσεως του Τιμίου Σταυρού, και στις 2 Νοεμβρίου, που είναι η Μνήμη όλων των Κεκοιμημένων Πιστών. Κάθε Μεγάλη Παρασκευή γίνεται ο Δρόμος του Σταυρού.