No se tiene constancia de cuándo fue fundada la comunidad católica de Heraklion (Creta), y tampoco se conoce cuándo fue construido el primer templo.

En 1888, se construyó el templo dedicado a San Juan Bautista, el cuál fue demolido en 1961 a causa de los graves terremotos ocurridos en 1959.

El entonces párroco, el padre Giorgos Russos, lo demolió y en 1961-1962, construyó el templo actual, que se encuentra en la calle Patrós Antoniou, 2 en Heraklion (Creta).

En Heraklion existe también la Capilla de la Santa Cruz, que se encuentra en el antiguo cementerio católico, situado en la calle Efesu, entrando por la avenida Icaru, y data de 1893.

En esta capilla se celebra la Santa Misa el 14 de septiembre, que es la fiesta de la Exaltación de la Santa Cruz, y el 2 de noviembre, que es el día de la Conmemoración de Todos los Fieles Difuntos. Cada Viernes Santo se hace un Vía Crucis.